В 1781 году Егошихинский медеплавильный завод был закрыт, а город Пермь образовался «на месте берлоги отчаявшихся людей». Первый генерал-губернатор Перми Е.П. Кашкин призвал принять участие в создании губернской резиденции государства разночинцев – богатых из купеческого и буржуазного сословия старых уральских городов: Кунгура, Соликамска и Чердыни. Откликнувшись на призыв губернатора, многие состоятельные жители покинули свои исконные места и перебрались в столицу новообразованной провинции.
Благодаря притоку частного капитала провинциальный город быстро расширился и изменился в соответствии со своим новым административным значением. Высокий политический статус областного центра и растущие духовные потребности горожан побудили областные и городские администрации приступить к строительству новых церквей в Перми.
Второй каменной церковью, возведенной в Перми, была церковь Рождества Пресвятой Богородицы. Его строительство связано с именем купца 2-й гильдии Василия Герасимовича Лапина. По легенде, соликамский купец Лапин вел морскую торговлю с дальними странами Запада и Востока: Англией, Индией и Китаем. Во время одного из своих путешествий, когда он перевозил товары в Тихий океан, его обрушил сильный шторм. Корабль разбился о скалы, а самого Лапина выбросило на необитаемый пляж вместе с обломками корабля и остатками груза. Попав в безвыходное положение, купец стал молиться Богу и Пресвятой Богородице о спасении. Он дал обет: если он избежит смерти, он построит храм во имя заступницы, Богородицы.Через несколько дней его забрали с английского корабля. Вернувшись на родину, Василий Герасимович навсегда оставил морское ремесло. Купец не забыл эту клятву и решил на свои средства построить в провинциальном городке новый храм Пресвятой Богородицы. В марте 1786 года с просьбой о помощи в благотворительном деле Лапин обратился к губернаторам Перми и Тобольска генерал-лейтенанту Евгению Петровичу Кашкину, сообщив ему, что летом он готов приступить к строительству церкви.
Кашкин внимательно отнесся к просьбе купца и в личном письме убедил епископа Вятского Лаврентия в том, что в Перми «для общества не хватает одной церкви».
В октябре 1787 года Духовная консистория Вятки направила в Пермь постановление Священного Правительственного Синода и «письмо храма» епископа Вятского и Великого Пермского Лаврентия, разрешающего купцу Лапину построить каменный храм в г имя Пресвятой Богородицы в губернском городе Пермь.
В том же году мэром был избран Василий Герасимович Лапин. Высокое положение в обществе способствовало успеху намеченного дела: Лапину удалось организовать сбор средств на строительство церкви. Сам Василий Лапин пожертвовал две тысячи рублей и стройматериалы – кирпич, щебень и известь.
Весной 1787 года на Покровской улице, недалеко от дома купца Лапина, была заложена каменная церковь. Строительство шло быстро. Не прошло и двух лет, и 23 декабря 1789 года было завершено строительство нижнего этажа церкви, освященной в честь Владимирской иконы Божией Матери. Вскоре началось строительство верхнего этажа, где находилась главная часовня в в честь Рождества Пресвятой Богородицы.
Со временем постройка церкви изменила свой архитектурный облик. В 1830-1840-е гг. Храм был расширен приделами. На первом этаже расположены: северный придел во имя святителя Николая Чудотворца, южный во имя Трех Святителей – Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоуста. Наверху: север – во имя святой мученицы Агриппины, юг – в честь Воздвижения Креста Господня, так Богородица-Церковь Рождества стала шеститронной.
По своим архитектурным параметрам здание церкви Рождества Богородицы представляло собой довольно крупное сооружение. Здание церкви было прямоугольным с приделами. Над вторым этажом был купол с окнами и колокольня на восьмиугольнике. Окна верхнего храма устроены по двум порядкам. Крыши церкви и колокольни были покрыты железом, кресты и главы позолочены. Круглые окна купола украшены позолоченными и железными изображениями четырех ангелов-трубачей. На фоне одноэтажных городских построек, чаще всего деревянных, церковь выделяется внушительными размерами и величественным внешним видом. Высота колокольни со шпилем составляла около 53 метров. Храм был необычным по своей конструкции и являлся редким для Перми образцом двухэтажной застройки. Впоследствии идея завершения колокольни церкви Рождества Богородицы шпилем была повторена в колокольне Спасо-Преображенского собора.
В классическом ансамбле провинциального города Перми в конце XVIII – первой трети XIX века Церковь Богородицы-Рождества Христова стала неотъемлемой частью компонента, образующего центральную часть города. – на перекрестке Покровская. Сооружение храма, увенчанного высокой колокольней, было частью опрокидывающегося комплекса с другими архитектурными маяками: Преображенским собором, церковью Святой Троицы на Сенной площади. Все церкви были пропорциональны профилю древнего Петропавловского собора.
Несмотря на изящную конструкцию здания, церковь Рождества Богородицы во внутреннем убранстве производила впечатление обыкновенной деревенской церкви. В его иконостасах не было ни дорогих серебряных и позолоченных облачений, ни настенных росписей, ни богатой церковной и ризничной утвари.
Внутреннее убранство началось после избрания в 1864 году главы церкви Кондратий Адриановича Сорокина. Благодаря его усилиям в главной капелле церкви был установлен величественный пятиуровневый иконостас, а в двух боковых приделах построены иконостасы. Стены храма украшены богатой росписью. В 1872 году стены нижнего храма расписали фресками. За эти годы храм Рождества Пресвятой Богородицы по своему внутреннему убранству, обилию церковной утвари и ризнице стал одним из самых богатых и красивых храмов Перми. Ежедневно жители города слышали звук десяти колоколов общим весом 12 590 кг, установленных на колокольне.
К церкви Рождества Богородицы, построенной внутри Гостиного двора в память изгнания французов из Москвы и победы в Отечественной войне 1812 года, приписана каменная часовня святителя Николая Чудотворца. Ежегодно 9 мая (по старинке), в день поминовения святителя Николая, к этой часовне проходил крестный ход от церкви Рождества Богородицы.
Церковь Натальской Богородицы стала не только литургическим, но и образовательным центром. Здесь прошли культурно-познавательные, торжественные собрания городского общества, посвященные памятным датам.
27 декабря 1889 года, в день празднования 100-летия храма Рождества Пресвятой Богородицы, благотворителями храма было принято решение об открытии приходского треста, который возьмет на себя ответственность за содержание приходской школы вместе с церковью и помогая бедным. Первая приходская школа при храме Рождества Богородицы была открыта 14 ноября 1888 года в память о чудесном спасении царской семьи 17 октября, когда на Курско-Азовской железной дороге разбился поезд. Школа была одноклассной и располагалась в арендованном здании. В 1890 году школа была преобразована на двухлетний период и переехала в новое каменное здание в часовне Санто Стефано Маньо.
В том же году открыта одноклассная школа для девочек при храме Рождества Христова. Спустя пять лет на пожертвования жертвователей рядом с церковью было построено новое двухэтажное кирпичное здание для школы. Учебное заведение состояло из трех отделений (классов), обучение было бесплатным, учебники также выдавались бесплатно детям.
Дидактическую деятельность в школе вели священники храма Рождества Богородицы, долгое время директором и учителем школы был протоиерей Евграф Матвеевич Кудрявцев. В сентябре 1898 г в училище открылся профессиональный курс ремесел.
На первом этаже здания школы находится общественный класс с библиотекой-читальным залом. С 1896 года здесь по воскресеньям и в праздничные дни проводятся популярные чтения, часто сопровождаемые демонстрацией световых картин, музыкой и пением. Известный в Перми оперный певец А.Д. Городцов практически ежегодно проводил в здании школы курсы певческой грамоты.
При приходской школе Рождества Богородицы в Закамске был загородный детский лагерь, куда на летние каникулы отправлялись поправляться дети малоимущих родителей. В лагере были теплые жилые домики, баня, место для гимнастики, огород с цветниками, огород и пасека.
Школа при храме Рождества Христова стала широко известной и была одной из лучших в Пермской епархии. Малообеспеченные граждане с удовольствием отправляли туда своих детей учиться.
После установления Советской власти на Пермском крае постановлением ВЦИК от 20 августа 1918 года здание приходской школы было муниципализировано. В 1922 году, в период кампании по конфискации церковных ценностей, все ценное имущество храма было «реквизировано». В 1926 году община Рождества Богородицы была изгнана из храма реставраторами, которые в 1927 году разместили здесь свое епархиальное управление.
Но в октябре 1928 года Пермский облисполком принял решение отозвать здание церкви из реставрационной общины и передать его горсовету под учебное заведение. Так, в январе 1929 года храм Рождества Богородицы был закрыт.
Практически сразу началась реконструкция здания, разрушившая его исторический облик. В декабре 1928 г колокольню разобрали, в 1933 г разобрали купола и заменили шатровой кровлей. В здании размещалось общежитие сначала для студентов промышленных вузов, а затем для техников. С 1933 года Стоматологический институт размещался в помещении Рождества Богородицы, а с 1941 года – в главном корпусе Пермского фармацевтического института.
Долгое время здание храма и приходской школы использовалось не по назначению. Но в 2009 году Дума города Перми приняла решение вернуть здание духовной школы Пермской епархии под классическую православную гимназию. В том же году церкви передали все тот же храм Рождества Пресвятой Богородицы. Еще до того, как Пермская фармацевтическая академия покинула его, в одной из освобожденных приделов стали регулярно проходить службы.
В настоящее время в храме идет масштабная реставрация. Руководство Пермской епархии намерено полностью восстановить утраченный исторический облик некогда прекрасного храма, чтобы все древние постройки не разрушались, а ремонтировались и укреплялись. Реставраторы надеются, что к концу 2012 года на Перми засияет еще один золотой купол – купол отреставрированного храма Рождества Богородицы.